马克思主义学院是直属学校党委、行政领导的二级教学科研单位。1997年5月原来隶属于基础部(基础医学院）的马列主义教研室更名后成立了社会科学部；1998年2月思想政治教育教研室并入，自此，社会科学部成为直属学校领导的思想政治理论课教研机构。2009年8月撤销社会科学部建制后并入新组建的公共教育学院。2011年4月根据教育部高校思想政治理论课建设方案恢复社会科学部独立设置的建制。2017年4月在社会科学部建制基础上更名成立马克思主义学院。党建方面，2016年11月8日，撤销原社科部直属党支部，设立中共徐州医科大学社会科学部总支部委员会，2017年4月更名为中共徐州医科大学马克思主义学院总支委员会。
学院现设有教学科研管理和党政管理两个办公室；设立了马克思主义原理教研室、中国特色社会主义理论概论教研室、习近平新时代中国特色社会主义思想教研室、思想政治教育教研室、中国近现代史纲要教研室、形势与政策教研室、人文与公共艺术教研室、军事理论教研室8个教研室；拥有1个独立资料室。学院现有教职工42人，其中专任（双肩挑）教师39人；专任教师中教授3人，副教授20人，讲师10人；博士学位15人，博士在读1人，硕士学位17人。学院党总支现有中共党员39人，下设四个教工党支部。
学院承担全校各专业、各层次的思想政治理论课、公共艺术课与医学人文教育等课程教学任务。老师潜心教学，专家评教、同行评教、学生评教均为优秀，在学校临床专业认证和教育部审核性评估中，得到专家认可，给予高度评价。
近年来，教师主持省（部）级科研项目7项；作为主要参与人完成国家社科基金1项和教育部人文社会科学研究资助项目2项；主持市、厅级科研项目16项；主持校级科研项目6项。发表论文74余篇，核心刊物27篇，共出版专著6本。获得省哲学社会科学优秀成果三等奖1项，获市哲学社会科学优秀成果一等奖 1项，二等奖1项，三等奖4项；获学校教学成果二等奖1项；获得省高校思想政治理论课教学展示一等奖1项、二等奖5项；省本科高校青年教师教学竞赛优胜奖1项。2人入选江苏省高校“青蓝工程”学科带头人，4人被评选为徐州医科大学优秀青年骨干教师；教师先后多次为学校党委党校入党积极分子培训班授课，为学校青马工程培训，被邀请为二级学院为学生干部作培训，彰显了马克思主义学院在学生思想政治工作的独特作用。